舞台為迎向新時代的日本。人工智能的龍頭企業「飛電Intelligence」所開發的人形AI機器人「Humagear」的運行正式開始啟動。「Humagear」其製作地精緻到與人類差異不大，因而易於融入各行各業職場。 另一方面對這種良好狀況不認同的恐怖組織「滅亡迅雷.net」，駭入Humagear使其失控，企圖消滅人類。然而政府早已查知他們的行動，並設立直屬於內閣官房的對人工智能特務機關「A.I.M.S.」。目的在於鎮壓失控的AI機器人與維持治安。 其中，沒有搞笑才能卻以搞笑藝人為目標的飛電或人，其活躍的搞笑場地遭到AI奪走。因而受到打擊的或人，得知「飛電Intelligence」創辦人兼社長的祖父死訊。在他遺留下來的遺言中，指定或人擔任「飛電Intelligence」的第二任社長。 或人對若大企業社長沒興趣，在其眼前卻出現因「滅亡迅雷.net」的駭入而失控的Humagear。因此接受只有「飛電Intelligence」的社長才能擁有的「飛電ZERO-ONE驅動器」，進而變身成假面騎士ZERO-ONE。 就任「飛電Intelligence」的新社長，決定投身於與AI戰鬥的或人。他與「滅亡迅雷.net」的糾葛、敵視AI的「A.I.M.S.」、圍繞在AI的開發與人們之間競爭權利的意圖。
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